Autres tables


La table ECOTOXICOLOGY

Cette table contient des informations sur la sensibilité des poissons à diverses substances chimiques, exprimée en concentration létale (LC50), soit la concentration qui mène à la mort 50 % des poissons qui y sont exposés pendant une certaine période.

Les tests biologiques de ce type sont conduits systématiquement pour répertorier la toxicité de diverses substances chimiques qui sont (seront) libérées dans le milieu (d'où le terme ‹ écotoxicologie ›), et les poissons sont généralement utilisés comme ‹ cobayes ›. Ces tests sont conduits typiquement pendant des périodes de 24, 48 ou plus communément, 96 heures.

La table a été conçue pour contenir les caractéristiques essentielles de ces tests, comme ils sont rapportés dans la littérature écotoxicologique, et consiste en 3 groupes d'informations, traitant (i) du poisson, (ii) des substances testées et (iii) des conditions et des résultats expérimentaux.

Les champs

(i) Des champs qui décrivent les spécimens de poissons utilisés comme ‹ cobayes › pendant le test :

Species and family [Espèce et Famille] : Indique le nom scientifique et la famille du(des) poisson(s) testé(s) ;

Number [Nombre] : Indique le nombre de spécimens testés ;

Sex [Sexe] : Parmi les choix : femelles ; mâles ; indéterminé (par défaut) ;

Weight [Poids] : Indique les poids minimal, maximal, moyen ou modal (en g) des spécimens ;

Length [Longueur] : Indique la longueur moyenne ou modale. Le type de longueur n'est généralement pas indiqué dans la littérature écotoxicologique, et est donc omis ici ; s'il est connu, il est précisé dans Comments [Commentaires] (voir ci-dessous) ;

Stage [Phase] : Indique la phase du cycle de vie des spécimens parmi les choix : eggs [œufs], larvae [larves], juveniles [juvéniles], adults [adultes], juveniles/adults (default) [juvéniles/adultes (par défaut)].

(ii) Des champs qui décrivent la substance testée :

Chemical group I [Groupe chimique I] : Indique une classification générale des substances chimiques communément testées parmi les choix : hydrocarbon [hydrocarbure], metal [métal], amine [amine], organophosphate [organophosphoré], carbamate [carbamate], organic acid [acide organique], alcohol [alcool], dioxin [dioxine], dibenzofuran [dibenzofurane], polychlorinated biphenyl [biphényle polychloré], alkylbenzene [alkylebenzène], phenol [phénol], chloroaniline [chloroaniline], cresol [crésol], azocompound [combiné azoté], bipiridyl [bipiridyl], organometallic [organométallique], inorganic [inorganique], other group [autre groupe] ;

Chemical name [Nom substance chimique] : Contient un texte de définition précise de la substance ;

Common name [Nom commun] : Indique le nom générique ou commercial de la substance testée ;

Chemical group II [Groupe chimique II] : Indique un deuxième niveau de classification plus fin des substances chimiques parmi 18 options (par exemple, hydrocarbure aliphatique ; hydrocarbure aromatique ; hydrocarbure aromatique polynucléaire ; chloroéthane ; chlorobenzène ; pyrèthre ; organochloré ; autre groupe). Plus d'options seront vraisemblablement ajoutées au fur et à mesure de la croissance de la base de données ;

Vehicle [Diluant] : Indique le liquide dans lequel la substance a été diluée parmi les options : water [eau] ; acetone [acétone] ; methanol [méthanol] ; ethanol [éthanol] ; none [aucun] ; other [autre]. Dans le cas ‹ autre ›, le diluant est précisé dans Comment [Commentaire] ;

Purity I [Pureté I] : Indique la pureté de la substance en % ;

Purity II [Pureté II] : Indique la pureté de la substance parmi les options : reagent [réactif] ; technical [technique] ; practical [pratique] ; mixture (see Comments) [mélange (voir Commentaires)] ; formulation [formulation] ; other (see Comments) [autre (voir Commentaires)] ;

Use [Usage] : Indique l'usage premier de la substance parmi les options : pharmaceutical [pharmaceutique] ; food additive [additif alimentaire] ; propellant [combustible] ; dielectric fluid [fluide diélectrique] ; bactericide [bactéricide] ; fungicide [fongicide] ; herbicide [herbicide] ; insecticide [insecticide] ; antibiotic [antibiotique] ; other [autre].

(iii) Des champs qui décrivent les conditions et résultats expérimentaux :

Temperature [Température] : En °C ;

pH [pH] : Entre 2 et 14 ;

Salinity [Salinité] : Entre 0 et 40‰ ;

Dissolved oxygen [Oxygène dissous] : Deux champs en mmHg et/ou en mgFishbase00090000.gifl-1 ;

O2 saturation [Saturation O2] : Deux champs calculés indiquent la saturation de l'oxygène à 100%, et la saturation réelle, d'après l'oxygène dissous, la température, et la salinité ;

Alkalinity [Alcalinité] : Indique la teneur en carbonate de calcium CaCO3Fishbase00090000.gifl-1 ;

Flow [Flux] : Indique si un flux d'eau est entretenu à travers la chambre d'expérience ;

Flow rate [Taux de flux] : Indique le flux en mlFishbase00090000.gifh-1 quand Flux est ‹ oui › ;

Applied stress [Stress appliqué] : Indique un stress que les spécimens auraient pu subir avant ou pendant le test de la substance lui-même, parmi les options : none specified [aucun spécifié] ; temperature (too high or too low) [température (trop élevée ou trop faible)] ; photoperiod [photopériode] ; feeding [alimentation] ; starvation [jeûne] ; toxins [toxines] ; hypoxia [hypoxie] ; hypercapnia [hypercapnie] ; salinity [salinité] ; high pH [pH élevé] ; low pH [pH faible] ; sedative [sédatif] ; transport [transport] ; other stresses (to be specified in Comments field) [autres stress (précisé dans le champ Commentaires)] ;

LC50 : Information-clé de cette table, indique le résultat d'une expérience en mgFishbase00090000.gifl-1 ;

Exposure time [Période d'exposition] : Indique la durée du test en h pour laquelle la valeur de LC50 s'applique ;

MainRef. : Indique le code de la référence d'où la valeur de LC50 a été extraite ainsi que les informations afférentes ;

Comments [Commentaires] : Un champ textuel pour compléter les informations incluses dans les champs précités.

La table ECOTOXICOLOGY contient environ 1 500 enregistrements se rapportant à plus de 300 substances et impliquant 100 espèces de poissons testées, extraits de presque 200 références (voir les graphiques de synthèse accessibles par la fenêtre MENU GRAPH). Ce n'est qu'une petite fraction des informations disponibles, et nous prévoyons d'étendre notre couverture, notamment par l'intégration des nombreuses données citées par Ramamoorthy et Baddaloo (1995). Nous apprécierions aussi de recevoir des tirés à part qui décrivent des espèces ou des substances encore absentes de FishBase. Il est espéré que cette table permette dans une certaine mesure des généralisations qui expliqueraient les différentes sensibilités des poissons aux substances chimiques variées pour réduire le nombre nécessaire d'expériences de LC50.

Comment y arriver

Cliquer sur le bouton Biology dans la vue SPECIES, puis sur le bouton Morphology & Physiology dans la vue BIOLOGY, et sur le bouton Ecotoxicology dans la fenêtre MORPHOLOGY & PHYSIOLOGY. Double-cliquer sur une des lignes dans la vue LC50 STUDIES affiche les informations relatives à l'étude désignée.

Référence

Ramamoorthy, S. and E.G. Baddaloo. 1995. Handbook of chemical toxicity profiles of biological species. Vol. 1. Aquatic species. CRC Press, Boca Raton, Florida. 386 p.

Cristina Bárcenas-Pazos

La table CIGUATERA

La ciguatera est une forme d'ichtyotoxisme causée par la consommation de poissons récifaux contaminés par une classe de toxines lipidiques solubles, les ciguatoxines. Les évaluations actuelles suggèrent qu'environ 25 000 personnes par an dans le monde entier sont empoisonnées en consommant des poissons ciguatoxiques. Les toxines qui causent la ciguatera sont sécrétées par le dinoflagellé Gambierdiscus toxicus, un épibionte qui vit sur toute une gamme de substrats dans les récifs coralliens, des macroalgues calcaires aux colonies de coraux morts. G. toxicus est largement réparti dans les récifs coralliens et les lagunes, mais l'espèce est surtout prolifique dans les eaux peu profondes (3-15 m) éloignées des influences terrestres. La plupart des secteurs où la ciguatera survient sont caractérisés par des eaux de salinité océanique. Les poissons récifaux herbivores qui broutent les algues ingèrent le G. toxicus et concentrent les ciguatoxines dans leur tube digestif et leur tissu musculaire. Les poissons récifaux piscivores deviennent toxiques en consommant des poissons herbivores et la concentration des toxines est alors augmentée au sommet du réseau trophique.

Les ciguatoxines ne sont pas détruites par la chaleur de cuisson et il n'y a pas de tests d'usage simple pour identifier les poissons contaminés, ou prédire les périodes d'apparition de la ciguatera dans les récifs. Les empoisonnements ciguatériques sont caractérisés par une gamme de symptômes gastro-intestinaux et neurologiques souvent sévères. Les individus intoxiqués peuvent éprouver de la diarrhée, des vomissements, de la léthargie, de l'engourdissement, une inversion de la perception de la température, des démangeaisons, des picotements et des douleurs musculaires. Quelques-uns de ces symptômes comme les démangeaisons et les douleurs musculaires peuvent persister plusieurs mois. Une récurrence des symptômes neurologiques peut être induite par la consommation d'alcool ou de certains aliments comme d'autres poissons, des denrées parfumées à l'arôme de poisson, le beurre de cacahuète, ou de viandes comme le poulet et le porc. Lewis et Holmes (1993) ont publié une revue approfondie des aspects cliniques, épidémiologiques et écologiques de la ciguatera.

La ciguatera est rarement fatale et dans la plupart des régions, les populations locales savent où sont localisées les zones à ciguatera et quelles espèces de poissons sont contaminées selon la saison de l'année. Cependant, ces informations sont peu documentées autrement que sous une forme accidentelle ou anecdotique. La plupart des informations sur la ciguatera dans le Pacifique ont été consignées dans les rapports épidémiologiques des hôpitaux qui documentent simplement le nombre de cas d'empoisonnements par ingestion de poissons par an. Les relations précises et documentées des cas de ciguatera ont été confinées dans le passé principalement à la Polynésie Française, l'Australie et Hawaï. En 1990, la Commission du Pacifique Sud a commencé à les collationner également dans les îles du Pacifique pour les intégrer dans une base de données (Dalzell 1992, 1993). Depuis, les signalements de cas ont été irréguliers, les nombreuses informations rapportées du Tuvalu et de Nouvelle-Calédonie contrastant avec l'absence ou le peu de rapports en provenance de certaines localités comme les Îles Marshall et Kiribati qui sont connues pour avoir des problèmes chroniques de poussées de ciguatera.

Les champs

Les divers champs de la table, principalement sous forme de cases à cocher, contiennent les réponses à un questionnaire rempli par les personnes victimes d'empoisonnement après avoir consommé un poisson ou un autre organisme marin. Bien que principalement conçue pour la documentation sur la ciguatera, elle peut documenter des cas d'empoisonnement par d'autres organismes marins consommés communément comme les crustacés et les mollusques.

Country [Pays], Locality [Localité] : Indiquent la localisation du cas ;

Date [Date] : Indique la date du rapport du cas ;

Fish [Poissons] ; Crab [Crabes] ; Lobster [Langoustes] ; Other crustacean [Autres crustacés] ; Gastropod [Gastéropodes] ; Bivalve [Bivalves] ; et Other [Autres] : Indiquent quel organisme ingéré a causé l'empoisonnement ;

River [Rivière], Mangrove [Mangrove], Beach [Plage], Reef patch [Patate de récif], Lagoon [Lagune], Outer reef [Récif externe], Open sea [Au large] : Indiquent le type d'habitat où l'organisme a été capturé ;

Fresh no ice [Frais sans glace] ; Fresh iced [Frais glacé] ; Frozen [Congelé] ; Salted [Salé] ; Dried [Séché] ; Smoked [Fumé] ou Pickled [Conserve] : Indiquent la méthode de conservation de l'organisme ;

Head [Tête] ; Flesh [Chair] ; Skin [Peau] ; Liver [Foie] ; Roe [Rogue (ovaires)] or Other organs [Autres organes] : Indiquent la partie de l'organisme consommée ;

Unprepared [Non préparé] ; Marinated [Mariné] ; ou Cooked [Cuisiné] : Indiquent la méthode de préparation de l'organisme ;

How many others ate this meal [Nombre autres personnes] : Indique le nombre d'autres personnes ayant consommé le même repas (hormis le répondant) ;

How many others felt sick [Nombre autres personnes malades], How many others were admitted to hospital [Nombre autres personnes à l'hôpital] : Indiquent, hormis les répondants, l'ampleur de l'empoisonnement ;

Local name of seafood [Nom local de l'organisme] ; English name of seafood [Nom anglais] ; Scientific name of seafood [Nom scientifique] : Indiquent le nom de l'organisme de différentes façons ;

Name of place caught [Lieu de capture] ;

Date eaten [Date ingestion] ; Time eaten [Heure ingestion] ; Date sick [Date maladie] ; et Time sick [Heure maladie] : Indiquent le délai entre l'ingestion de l'organisme et l'apparition des premiers symptômes de la ciguatera, à savoir :

Burning/pain when touching cold water [Brûlure/douleur en touchant l'eau froide] ; Tingling/numbness sensations [Sensations de picotement/engourdissement] ; Discomfort urinating [Incommodité pendant la miction] ; Difficulty in breathing [Difficulté de respirer] ; Difficulty in walking [Difficulté de marcher] ; Difficulty in talking [Difficulté de parler] ; Eye irritation [Irritation de l'oeil] ; Pin pricking on touching cold water [Démangeaisons en touchant l'eau froide] ; Strange taste in mouth [Goût étrange dans la bouche] ; skin itching/redness [Démangeaisons/rougeur de la peau] ; Excessive salivation [Salivation excessive] ; Excessive sweating [Transpiration excessive] ; Diarrhea [Diarrhée] ; Vomiting [Vomissement] ; Fever/chills [Fièvre/frémissement] ; Headache [Mal de tête] ; Joint aches [Douleurs dans les articulations] ; Muscle cramps [Crampes musculaires] : Indiquent les symptômes parmi cette liste de 18.

Pulse [Pouls] ; Blood pressure [Tension] (valeurs systolique et diastolique) ; Pupil dilation [Dilatation pupille] ; Death [mort] : Contiennent des informations médicales si le formulaire est complété par un docteur de la part du répondant ;

Comments [Commentaires] : Contient toute information supplémentaire pertinente pour le signalement du cas.

Statut

La table CIGUATERA contient plus de 600 enregistrements collectés depuis 1990 provenant de 11 îles et territoires du Pacifique. Comme évoqué plus haut, la répartition des signalements est très irrégulière : plus de 50 % proviennent de Tuvalu, et la plupart de ceux-ci de l'île de Niutao (voir la carte, et voir les graphiques accessibles par la fenêtre GRAPHS). Une des causes des difficultés à obtenir ces rapports est due à ce que les administrations des pêches et de la santé dans les îles du Pacifique se rejettent la responsabilité pour les poussées de ciguatera. De plus, la ciguatera n'est pas ressentie comme une question de santé publique prioritaire dans ces pays, mais comme une menace pour leurs exportations de leurs produits des pêches.

Quand cela est possible, les noms communs des espèces ont été reliés à leur équivalent scientifique, bien que dans beaucoup de cas, les noms locaux font référence à un genre ou à une famille plutôt qu'à une espèce. C'est une des raisons qui font que la table CIGUATERA n'est pas seulement reliée à la table SPECIES, mais aussi aux tables FAMILY et COUNTRY. La Communauté (ex-Commission) du Pacifique Sud mettra à jour cette base de données au fur et à mesure du signalement des cas de ciguatera dans les îles du Pacifique. De plus, l'équipe FishBase invite les collègues qui travaillent dans les Antilles à envoyer des signalements similaires pour étendre à terme une version modifiée de cette table à toutes les zones où la ciguatera survient.

Comment y arriver

La table CIGUATERA est accessible de plusieurs façons :

  1. Cliquer sur le bouton Importance dans la vue SPECIES et double-cliquer dans le champ Dangerous fish si l'option indiquée est ‹ reports of ciguatera poisoning › ;
  2. Cliquer sur le bouton Biology dans la vue SPECIES, puis sur le bouton Fish as food dans la vue BIOLOGY et sur le bouton Ciguatera dans la fenêtre FISH AS FOOD ;
  3. Cliquer sur le bouton Range dans la vue SPECIES, le bouton Countries dans la vue STOCKS RANGE. Double-cliquer sur une des lignes dans la vue LIST OF COUNTRIES WHERE THE SPECIES IS FOUND affiche les informations relatives au pays désigné, puis cliquer sur le bouton Country Info dans la vue COUNTRIES, et le bouton Ciguatera dans la vue COUNTRY REFERENCE. Noter que la liste affichée pourra aussi comprendre des groupes tels que les bêches-de-mer (holoturies, concombres de mer).
  4. Cliquer sur le bouton Family dans la vue SPECIES et sur le bouton Ciguatera dans la vue FAMILIES.

Cliquer sur l'icône ‹ carte › dans la vue CIGUATERA affiche la répartition des quelques cas déjà saisis. Cliquer sur un des points jaunes affiche les informations relatives à ce cas.

Références

Dalzell, P. 1992. Ciguatera fish poisoning and fisheries development in the South Pacific. Bulletin de la Société Pathologique Exotique 85 (5) : 435-444.

Dalzell, P. 1993. Management of ciguatera fish poisoning in the South Pacific. Memoirs of the Queensland Museum 34(3) : 471-480.

Lewis, R.J. et M.J. Holmes. 1993. Origin and transfer of toxins involved in ciguatera. Comp. Biochem. Physiol. 160C(3) : 615-628.

Paul Dalzell

La table COLLABORATORS

Les données dans FishBase ont été saisies, modifiées ou vérifiées par environ 400 personnes, membres de l'équipe FishBase ou des collaborateurs (voir Fig. 2). Pour pouvoir suivre qui a fait quoi et ainsi être capable d'attribuer pleinement le crédit aux collaborateurs, et demander à la bonne personne des clarifications sur les informations données, chacun des enregistrements dans FishBase comprend 6 champs qui peuvent être affichés dans un encart au format suivant :

Entered [Entré] : 02 19/03/91

Modified [Modifié] : 18 28/04/94

Checked [Vérifié] : 01 03/06/94

où, dans cet exemple, le code 02 représente Susan M. Luna qui a entré les informations le 19 mars 1991, le code 18 est Liza Q. Agustin qui a modifié des données dans l'enregistrement le 28 avril 1994, et le code 01 est Rainer Froese qui a vérifié les informations dans l'enregistrement le 3 juin 1994. Cliquer sur le bouton Status [Statut] au bas de tout enregistrement affiché dans une vue. Double-cliquer sur le code du collaborateur affiche dans la vue COLLABORATORS le nom (et une photo si elle est disponible), l'institution, l'adresse, les numéros de téléphone et de télécopie, l'adresse e-mail et une description de la contribution du collaborateur au projet et/ou son domaine d'expertise.

La table COLLABORATORS est aussi prévue pour permettre aux utilisateurs de FishBase de contacter directement la personne qui a la compétence sur un sujet donné, c'est-à-dire a priori celle qui a vérifié ou entré des informations sur un enregistrement, ou écrit seule ou en collaboration le chapitre correspondant de ce livre.

Aide

Il faut garder à l'esprit qu'environ deux-tiers seulement des enregistrements dans la table SPECIES ont été vérifiés, et beaucoup moins dans les autres tables. Si vous souhaitez nous aider dans cette tâche, veuillez imprimer le ou les enregistrements que vous vérifiez, inscrire votre validation ou vos corrections, de préférence en rouge, et envoyer le tout à l'équipe FishBase. Nous saisirons les corrections dans FishBase et mettrons vos nom, adresse, et autres informations que vous nous fournirez dans la table COLLABORATORS. Si votre contribution est importante, nous vous enverrons en retour une copie gratuite du CD-ROM FishBase.

Comment y arriver

Cliquer sur le bouton Collaborators dans la fenêtre MAIN MENU, ou dans la vue SPECIES, ou double-cliquer sur le code du collaborateur accessible dans tout enregistrement par le bouton Status [Statut].

Rainer Froese

La table REFERENCES

En tant que données scientifiques, le contenu de FishBase doit être relié par des références aux connaissances scientifiques antérieures, ce qui permet à la fois leur vérification et leur attribution aux auteurs cités, comme dans un article ou un ouvrage scientifique. Généralement, les références ne sont pas directement citées dans le corps des tables FishBase. Mais un code (Ref. ou Main Ref.), c'est-à-dire un numéro séquentiel, repère l'enregistrement unique qui porte ce code dans la table REFERENCES et qui comprend le nom de l'auteur, l'année de publication, le titre de la publication, sa source, des mots-clés et des codes d'autres références relatives au même sujet.

Les champs

Author(s), Year, Title et Source : Suivent les conventions scientifiques adoptées pour ce type de citation.

Cross references : Indiquent des codes d'autres références pertinentes utilisées dans FishBase. Double-cliquer sur un de ces codes affiche les informations relatives à la référence désignée.

Keywords : Indiquent dans une liste de 50 catégories qui couvrent la gamme entière des informations disponibles dans FishBase, les mots-clés pertinents pour la référence par des cases à cocher.

Available at ICLARM, Dr Pauly's collection, Dr. Froese's collection : Indiquent par des cases à cocher si la référence est disponible ou non dans la collection de l'ICLARM, ou dans les collections privées de D. Pauly ou R. Froese.

Les références qui citent FishBase peuvent être indiquées comme telles.

Language : Indique la langue dans laquelle est écrit le texte de la référence. Le pourcentage du nombre de références dans chaque langue est donné dans la liste ci-dessous : anglais (83 %), français (5,4 %), espagnol (3,9 %), allemand (2,0 %), russe (0,7 %), hollandais (0,8 %), portugais (0,6 %), italien (0,4 %), japonais (0,4 %), latin (0,3 %) et autres (1 %). Environ 0,7 % des références ne sont pas classées d'après la langue car la citation est incomplète (voir ci-dessous). La langue peut parfois être déduite de la source. Cependant, nous avons opté de ne pas assigner de langue sans une vérification supplémentaire au cas où la source de la référence est dans une série publiée dans plusieurs langues.

Statut

Les références sont aussi identifiées par type : sur les 12 900 références utilisées dans FishBase, 57 % sont des articles de périodiques ; 20 % des chapitres de livres ; 10 % des livres ; 7 % des rapports ; 3 % des thèses ; et 3 % d'autres sources.

De plus, les références sont marquées comme ‹ complete › ou ‹ incomplete ›. Dans ce deuxième cas, un des champs principaux peut être vide ou signalé comme ‹ missing › [manquant] ou ‹ to be filled › [à remplir]. Généralement, ce sont des références qui n'ont pas été vues, mais citées dans d'autres références souvent indiquées dans les champs Cross-References. Nous nous efforcerons de compléter ces références graduellement, et nous vous invitons à nous aider dans cette tâche. Pour l'instant, 18 % des références utilisées dans FishBase sont notées incomplètes ; 91 références citent FishBase (nous séparerons plus tard les autocitations des autres).

Dans de nombreux cas, les références ont été utilisées seulement pour une partie des informations qu'elles contiennent (par exemple, des paramètres de croissance extraits d'une communication qui contient aussi des informations sur la nourriture et les habitudes alimentaires par exemple). C'est en partie dû à ce que les membres de l'équipe FishBase doivent se spécialiser sur des sujets particuliers et à leurs tables associées. Un champ à choix multiple indique dans quelle mesure la référence a été utilisée parmi les options ‹ used in part › [utilisée en partie] ; ‹ used completely › [utilisée complètement] ; et ‹ not seen › [n'a pas été vue], dernier cas que nous nous efforcerons d'éliminer graduellement.

Cliquer sur le bouton All species used affiche une liste de toutes les espèces traitées dans la référence et pour lesquelles nous avons extrait des informations.

Les rapports

Les références sont ajoutées aux synopsis (longs ou courts) et autres productions de FishBase. De plus, une routine préprogrammée imprime une liste de toutes les références par auteur, titre, source, mot-clé, famille ou sous-famille, qui facilite la vérification et l'évaluation du traitement des divers groupes de poissons ou régions géographiques dans FishBase. Nous vous remercions de bien vouloir nous envoyer des tirés à parts et des rapports contenant des informations que vous estimez devoir être incorporées dans FishBase.

Noter que la table des références du Catalog of Fishes de W.N. Eschmeyer (voir ‹ La Littérature citée ›, ce volume) est intégrée à FishBase depuis son édition de 1998. Cette table inclut les références de toutes les descriptions originales de poissons, et de toutes les révisions de ces 20 dernières années. Elle établit un standard pour la citation des descriptions originales.

Comment y arriver

Cliquer sur le bouton References dans la fenêtre MAIN MENU, ou double-cliquer sur tout code de référence dans toutes les vues. Cliquer sur le bouton References dans la vue SPECIES affiche la liste de toutes les références utilisées pour une espèce. Le nom interne de cette table est REFRENS.

Pour les références du Catalog of Fishes d'Eschmeyer, cliquer sur le bouton References de la fenêtre MAIN MENU, puis sur le bouton Eschmeyer's references. Ou double-cliquer sur le champ Author dans la vue ESCHMEYER'S SPECIES.

Maria Lourdes D. Palomares et Daniel Pauly

La table BIBLIO

La table BIBLIO fournit un lien de 1 à n entre les tables SPECIES et REFRENS. Pour chaque espèce, toutes les références que nous avons utilisées y sont indiquées, et pour chaque publication toutes les espèces pour lesquelles nous avons extrait des informations.

Nous avons aussi inclus un champ pour le Name Used as Valid [Nom utilisé comme valide] pour une espèce traitée dans une référence donnée. Ce nom est toujours extrait de la table SYNONYMS. Si une publication utilise un synonyme nouveau, ou mal orthographié, ce nom est d'abord entré dans la table SYNONYMS, avant qu'aucun enregistrement nouveau dans la table BIBLIO n'y fasse référence.

Cette intégration fine des synonymes et des références assure que les publications réfèrent la bonne espèce biologique, même si le nom scientifique subit des changements. Cela nous permet aussi d'imprimer automatiquement des listes mises à jour des changements nomenclaturaux pour nos références, dès Linnaeus (1758) (voir ‹ Les changements nomenclaturaux ›, ci-dessous).

La table BIBLIO inclut aussi un champ pour le nombre exact de pages où l'espèce est traitée et un champ pour les citations, une caractéristique que nous avons juste commencé d'explorer.

Comment y arriver

Cliquer sur le bouton References dans la vue SPECIES.

Remerciements

Le crédit est dû à Emily Capuli qui a suggéré d'enregistrer le champ Name Used as Valid [nom utilisé comme valable], une amélioration très importante de la structure de FishBase (voir aussi Encadré 5).

Référence

Linnaeus, C. 1758. Systema Naturae per Regna Tria Naturae secundum Classes, Ordinus, Genera, Species cum Characteriibus, Differentiis Synonymis, Locis. 10ème édition, tome 1. Holmiae Salvii. 824 p.

Rainer Froese et Maria Lourdes D. Palomares

Les changements nomenclaturaux

Une base de données relationnelle bien conçue est un système puissant et l'une des rares applications informatiques dont vous obtenez plus que ce que vous y avez mis. Par exemple, quand le nom scientifique de la truite arc-en-ciel, pourtant abondamment étudiée, a été changé de Salmo gairdneri à Oncorhynchus mykiss, il ne nous a fallu que 5 minutes pour changer le nom dans la table SPECIES, changer le statut de l'ancien nom dans la table SYNONYMS, et saisir le nouveau. Ce simple changement a néanmoins mis à jour les diverses listes pour les 69 pays où l'espèce se trouve ou a été introduite, et a relié au nouveau nom valide de l'espèce les 150 références, les 57 noms communs, et les 21 synonymes et plus de 1 000 enregistrements dans 18 tables liées.

FishBase ne fait pas qu'un lien permanent entre les références et les noms valides, elle enregistre aussi les noms qui ont été originalement utilisés dans la publication (voir ‹ La table BIBLIO › ci-dessus). Il nous est alors permis de créer une routine qui liste tous les changements nomenclaturaux déjà répertoriés par l'équipe FishBase pour des travaux taxinomiques importants. Pour plus de 400 publications avec au moins un nom obsolète, cette routine produit une liste des noms invalides avec le numéro de la page où le nom est utilisé, et fournit l'allocation actuelle à un taxon plus élevé, un synonyme plus ancien, une orthographe correcte ou une bonne identification.

[Noter que dans quelques cas, les références qui n'incluent pas les noms d'espèces, par exemple, les atlas océanographiques, ou des contributions similaires avec des informations applicables à une ou plusieurs espèces de poissons, sont liées à ces dernières].

Rainer Froese

La table GLOSSARY

La table GLOSSARY contient des définitions de plus de 2 600 termes en rapport avec l'ichtyologie, la taxinomie, l'écologie, la conservation, la dynamique des populations, la génétique, l'océanographie, la géographie et des disciplines connexes. Les utilisateurs peuvent le consulter n'importe où dans FishBase. Il est destiné à les aider à connaître les termes et les concepts utilisés dans la base de données. Les termes et les définitions sont donnés en anglais et en français. Veuillez nous contacter si vous avez des commentaires sur nos définitions ou des suggestions pour des termes supplémentaires.

Sources

Le glossaire a été composé au début à partir de divers messages d'aide disponibles dans FishBase puis vérifié dans des glossaires similaires d'ouvrages taxinomiques et dans des dictionnaires biologiques, géographiques et autres (par exemple, UNEP/WCMC 1995). Il contient aussi tous les noms communs des familles de poissons et les acronymes, les adresses et des informations supplémentaires sur 200 collections de poissons. Plus tard, nous avons ajouté, avec la permission des auteurs ou éditeurs, des termes extraits des glossaires suivants : FAO Species Catalogues ; Code International de Nomenclature Zoologique (1985) ; Ecosystem Classification for the Tropical Island Pacific (Holthus et Maragos 1995) ; Fish Population Dynamics in Tropical Waters : a Manual for Use with Programmable Calculators (Pauly 1984) ; Guide Book to New Zealand Commercial Fish Species (Armitage et al. 1994) ; Field Guide to Trawl Fish from Temperate Waters of Australia (May et Maxwell 1986) ; Trawled Fishes of Southern Indonesia and Northwestern Australia (Gloerfelt-Tarp et Kailola 1984) ; Continental Shelf Fishes of Northern and North-Western Australia (Sainsbury et al. 1985) ; Status of Fishery Resources off the Southeastern United States for 1993 (Southeast Fisheries Science Center 1995) ; et plusieurs autres. Les définitions ont été vérifiées et les termes croisés avec des termes connexes. Double-cliquer sur les champs des termes croisés affiche leur définition. Nous prévoyons d'étendre graduellement le glossaire, et de coordonner la traduction des termes et des définitions dans d'autres langues, en plus de sa traduction française, intégrée dans cette édition (voir ‹ Les Traductions de FishBase ›, ce volume).

Comment y arriver

Cliquer sur le bouton Glossary dans la fenêtre MAIN MENU ou dans n'importe quelle autre vue. La table GLOSSARY est aussi accessible en dehors de FishBase en double-cliquant sur son icône dans le groupe FishBase sous Windows.

Remerciements

Je remercie Daniel Pauly pour la revue d'une version antérieure du glossaire et pour ses précieux commentaires sur l'édition actuelle. Je remercie aussi les nombreux collègues qui nous ont permis d'utiliser les définitions de leurs glossaires respectifs. Mention spéciale à N. Bailly, T. Diof, J. -C. Hureau, P. Labrosse, C. Lhomme-Binudin, M. Margout, M.L.D. Palomares, S. Planes, P. Pruvost, et B. Samb pour leur aide avec la traduction française et E. Balguerias pour son aide avec la traduction espagnole.

Références

Armitage, R.O., D.A. Payne, G.J. Lockley, H.M. Currie, R.L. Colban, B.G. Lamb et L.J. Paul. 1994. Guide book to New Zealand commercial fish species. New Zealand Fishing Industry Board, Wellington, New Zealand. 216 p.

Gloerfelt-Tarp, T. et P.J. Kailola. 1984. Trawled fishes of southern Indonesia and northwestern Australia. Australia Development Assistance Bureau, Australia ; Directorate General of Fisheries, Indonesia ; German Agency for Technical Cooperation, Germany. 407 p.

Holthus, P.F. et J.E. Maragos. 1995. Marine ecosystem classification for the tropical island Pacific, p. 239-280. In J.E. Maragos, M.N.A. Peterson, L.G. Eldredge, J.E. Bardach et H.F. Takeuchi (éds) Marine and coastal biodiversity in the Tropical Island Pacific Region. East-West Center, Honolulu, Hawaii.

May, J.L. et J.G.H. Maxwell. 1986. Field guide to trawl fish from temperate waters of Australia. CSIRO, Melbourne, Australia. 492 p.

Pauly, D. 1984. Fish population dynamics in tropical waters : a manual for use with programmable calculators. ICLARM Stud. Rev. 8, 325 p.

Sainsbury, K.J., P.J. Kailola et G.G. Leyland. 1985. Continental shelf fishes of northern and north-western Australia. CSIRO Division of Fisheries, Canberra, Australia, 375 p.

Southeast Fisheries Science Center. 1995. Status of fishery resources off the southeastern United States for 1993. NOAA Tech. Mem. NMFS-SEFSC-368, 72 p.

UNEP/WCMC. 1995. Electronic resource inventory : A searchable resource for biodiversity data management. WCMC, Cambridge, UK. [Windows 3.1 or higher].

Rainer Froese

Organismes, traités et conventions

L'aménagement des pêcheries ne pose pas que des questions générales d'ordre écologique et économique, mais exige souvent des démarches qui outrepassent les limites nationales. L'Agreement on Conservation and Management of Straddling Fish Stocks and Highly Migratory Fish Stocks [Accord sur la Conservation et l'Aménagement des Stocks de Poissons Chevauchant et de Poissons très Migrateurs] et la convention sur la diversité biologique ne sont que deux types d'instruments légaux qui ont été créés pour traiter ces questions internationales.

Bien que ces instruments soient souvent cités, par exemple dans les journaux, il est difficile d'obtenir des informations plus détaillées sur ces organismes, ces traités ou ces conventions internationaux, surtout pour des questions telles que ‹ quel pays est signataire de tel traité ? › ou ‹ quel est l'état actuel du processus de ratification de telle convention dans tel pays ? ›.

Depuis FishBase 98, une nouvelle table contient ces informations sur les organismes internationaux et les instruments légaux traitant principalement ou en partie de la pêche, de la biodiversité et d'autres questions environnementales. Ces organismes et instruments sont internationaux parce qu'ils établissent des droits et des obligations mutuellement convenus entre deux (instruments bilatéraux) ou plus de deux pays (instruments multi-latéraux) ; aussi les législations nationales ne sont-elles pas considérées ici. Les informations fournies comprennent une description générale et une classification de l'organisme international ou de l'instrument légal ; la liste des pays qui sont membres ou signataires, et l'état de ratification ; la ou les espèces de poissons explicitement concernées par l'instrument (s'il y en a) ; les adresses (postales et/ou Internet) où obtenir des informations supplémentaires. Le texte officiel de l'instrument a été inclus dans plusieurs cas.

Les informations peuvent être obtenues en choisissant un pays comme point de départ, puis en affichant la liste des organismes et des instruments internationaux dont il est membre ou signataire. L'autre option est de consulter la liste des organismes ou des instruments et d'afficher les pays qui sont membres ou signataires. Dans ce dernier cas, les pays concernés par l'organisme ou l'instrument peuvent être visualisés sur une carte mondiale qui affiche aussi les acronymes ou les noms courts.

Sources

Les informations contenues dans FishBase ont été à l'origine compilées de sources rendues disponibles sur Internet par le Consortium for International Earth Science Information Network [Consortium du Réseau International pour les Informations sur les Science de la Terre] (CIESIN) qui gère le Socioeconomic Data and Applications Center [Centre des Données et des Applications Socio-Économiques] (SEDAC) pour le US National Aeronautics and Space Administration [Administration Nationale de l'Aéronautique et de l'Espace des États-Unis d'Amérique ; http://sedac.ciesin.org]. Plusieurs publications ont fourni un bon aperçu de la législation existante en rapport avec l'environnement (Birnie et Boyle 1994), du principe de précaution en tant que fondement de la législation et de la politique en matière de protection du milieu (Cameron 1994), et de la conservation et de l'exploitation durable des ressources marines (McAllister 1995).

Statut

La table contient des informations sur 45 organismes et 93 instruments légaux internationaux. Quand c'est utile, les instruments sont complétés par des informations sur des protocoles supplémentaires et des amendements en rapport avec l'instrument donné.

Les champs

Acronym [Acronyme] : Indique l'acronyme ou le nom court (s'il y en a) sous lequel l'organisme ou l'instrument est généralement connu ou cité.

Name [Nom] : Indique le nom légal complet de l'organisme ou de l'instrument tel qu'il est utilisé dans toute documentation légale qui se rapporte à l'organisme ou à l'instrument.

Purpose [But] : Indique une classification globale à laquelle l'organisme ou l'instrument est assigné, selon une des options : (i) aux pêcheries, (ii) à la biodiversité, (iii) au milieu, ou est (iv) d'une nature générale. La dernière catégorie est utilisée pour des organismes internationaux tels que la Commission Européenne par exemple, qui ne relèvent pas fondamentalement de l'une des trois premières catégories, bien qu'ils puissent faire preuve d'activités annexes.

Type : Parmi les options : Body [Organisme] ; Treaty [Traité] ; Convention [Convention] ; Pact [Pacte] ; Agreement [Accord] ; Protocol [Protocole] ; Amendment [Amendement] ; et si l'organisme ou l'instrument est bilatéral, ou multi-latéral.

Established [Établie] et Locality [Localité] : Indiquent la date et la localité où l'organisme ou l'instrument a été établi.

Entered into Force [Date d'application] et Expired [Date d'expiration] : Indiquent respectivement la date officielle d'entrée en vigueur de l'organisme ou de l'instrument, et la date prévue, quand elle existe dans les textes, de cessation de validité.

Coverage [Couverture] : Résume en termes généraux les buts et les objectifs de l'organisme ou de l'instrument.

Remarks [Remarques] : Fournit des informations supplémentaires sur toute action officielle ultérieure (par exemple, des amendements) signée dans le cadre de l'instrument original.

Signatories Table [Signataires] : Indique la liste des pays (par ordre alphabétique) qui sont devenus des membres ou des signataires de l'organisme ou de l'instrument, la date de signature et l'état actuel de la procédure de ratification, parmi les options : (i) membre et (ii) observateur pour les organismes ; (iii) en suspens et (iv) a ratifié pour les instruments légaux internationaux. Il devrait être noté que le terme en suspens s'applique à tout un ensemble de cas juridiques qui sont tout sauf la ratification pleine et entière.

Document text [Texte] : Contient le texte complet de l'instrument légal (si disponible). Le texte peut être sélectionné en entier et transférer par un simple copier-coller dans un traitement de texte où l'utilisateur peut rechercher les passages qui l'intéressent par des termes précis, et/ou récupérer ces passages pour une autre utilisation.

Language table [Langue] : Indique la langue dans laquelle est écrite la documentation officielle de l'organisme.

Le bouton Species est noirci quand un instrument légal couvre explicitement au moins une espèce de poisson. Cliquer sur le bouton affiche alors le ou les noms.

Contact table [Contact] : Indique les coordonnées pour contacter le secrétariat de l'organisme ou de l'instrument, ainsi que des adresses Internet si plus d'informations sont souhaitées.

Comment y arriver

Vous pouvez consulter les informations sur les organismes ou les instruments contenus dans FishBase, soit par pays, soit par organisme ou instrument, seul ou en groupe. Dans le premier cas, cliquer sur le bouton Reports dans la fenêtre MAIN MENU puis sur le bouton Miscellaneous, dans la fenêtre Predefined Reports, et sur le bouton Country Information. Double cliquer sur une des lignes de la vue LIST OF COUNTRIES affiche les informations générales relatives au pays désigné. Cliquer sur le bouton Int'l Legal. Instr. affiche la liste des instruments dont le pays est signataire.

Dans le deuxième cas, cliquer sur le bouton Reports dans la fenêtre MAIN MENU et sur le bouton International Bodies and Legal Instruments dans la fenêtre PREDEFINED REPORTS.

Les instruments légaux disponibles dans FishBase peuvent être sélectionnés en utilisant les critères suivants : (i) tout organisme ou instrument spécifique ; tous les organismes ou instruments relatifs à : (ii) un pays, (iii) une région géographique prédéfinie (telle que le sud-est Asie), ou (iv) un continent ; (v) un but (par exemple, les pêcheries) ; (vi) une espèce concernée par des instruments internationaux, ou (vii) par un mot-clé saisi par l'utilisateur.

Références

Birnie, P.W. et A.E. Boyle. 1992. International law and the environment. Clarendon Press, Oxford, UK. 563 p.

Cameron, J. 1994. The status of the precautionary principle in international law, p 262-289. In T. O'Riordan et J. Cameron (éds). Interpreting the precautionary principle. Cameron May Ltd., UK, 315 p.

McAllister, D.E. 1995. Status of the world ocean and its biodiversity. Sea Wind 9(4) Special Issue. 72 p.

Jan Michael Vakily et Grace T. Pablico